峨山彝族自治县人民法院有政治处、纪检组、执行局、办公室、立案庭、刑庭、民一庭、民二庭、审监庭、审管办、行政庭、书记员管理局、司法警察大队、司法行政管理局14个内设机构。其中，政治处、纪检组、执行局为正科级机构，其余为副科级机构。